Berdasarkan cerita dari para sesepuh Desa Gondek pada awal berdirinya bernama Desa Mojoklampis. Sekitar tahun 1830 an paska Perang Jawa yang dipimpin oleh Pangeran Diponegoro, banyak laskar yang melarikan diri dan mencari tempat persembunyian di Desa Mojoklampis. Untuk menggelabui tempat persembunyian di Desa Mojoklampis yang semula sudah diketahui, maka Desa Mojoklampis dirubah menjadi Desa Gondek agar tidak diketahui oleh para penjajah. Desa Gondek berasal dari kata Bahasa Jawa yaitu Gonne Endek yang artinya tempatnya rendah sesuai dengan kontur tanah yang memang lebih rendah dari dataran tanah yang lain. Desa Gondek di bagi menjadi 5 Dusun yaitu: Dusun Rejosari, Dusun Gondek, Dusun Ngelo, Dusun Bangunrejo dan Dusun Wringinjejer.

Kepala Desa yang pernah memimpin di Desa Gondek berturut-turut adalah:

Daftar Nama Kepala Desa Gondek

Sebagian besar wilayah Desa merupakan persawahan yang  mayoritas petani menanam padi dimusim penghujan dan jagung dimusim kemarau dan juga tanaman Tebu. Mayoritas penduduk Desa Gondek beragama Islam.